上下部接合条件で「剛結」と「免震支承」は同時に使用できるか。

対応可能です。ここで、許容塑性率を算出するための安全係数は、[解析設定]-[共通照査条件]画面の"安全係数の設定"で"免震設計としての安全係数2αを用いる"をチェックすることで免震設計に対応できます。該当の橋梁形式の場合の適用については適切に設定してください。