掛け違いを含む橋梁システムはモデル化することはできるか。

対応可能です。2次元版、3次元版簡易入力では、各橋脚に2つの支承ラインが設定でき、桁の不連続が考慮できます。3次元版任意骨組入力では、各橋脚に複数個の支承ラインが設定できるため、上下線やランプ桁などを一体でモデル化することも可能です。