静的解析の破壊形態の判定で使われている「発生せん断力」はどの時点でのせん断力なのか。

マニュアル「14.5.3 せん断耐力の算出及び照査」に書かれているように、構造系の耐震性能限界時に発生したせん断力になります。
ステップ番号は目安として、各部材の最大せん断力発生時を表示しているだけです。
例えば、本来50ステップ目が構造系の耐震性能限界時であり、ある部材が38ステップを表示している場合は、38ステップから50ステップにかけて、せん断力が減少していることになります。