下部構造を全て全断面有効とした固有値解析はできるか。

対応できません。線形橋脚として断面剛性を直接入力することはできますが、データには少なくとも1橋脚は非線形橋脚としてモデル化する必要が有ります。
ただし、レベル1地震動を目的としているのであれば、レベル1解析オプションを導入していただくことで対応可能です。