製作工数の補正における、桁高変化による工数割増は、径間ごとに考慮しているのか。

いいえ。[入力]－[主桁形状]画面にて、桁高変化するになっている場合、すべての径間に適用します。箱桁は11%、鈑桁は5%の割増率です。