インターネット認証を利用するPCにセキュリティソフトがインストールされているが、この環境でもアクティベート(ライセンスの有効化)はできるか

はい、できます。
インターネット認証を利用するPCにセキュリティソフトなどが設定されている場合、アクティベート(ライセンスの有効化)が阻害される場合があります。このような場合は、セキュリティソフト側にて、例外ルールに弊社インターネット認証を登録するなど、インターネットを通じてアクティベート(ライセンスの有効化)が行えるよう設定を行ってください。セキュリティソフトの設定手順などについては、セキュリティソフトメーカーへお問い合わせください。